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研讨会内容

研讨会名称109/09/15-CLC Genomics Workbench 教育训练课程
开始日期2020-09-15 14:00:00
结束日期2020-09-15 16:00:00
活动说明CLC Genomics Workbench为一功能強大之次世代序列分析软件，主要功能如下:
1.可輸入Sanger、Roche 454、Illumina Solexa、HiSeq system、MiSeq system及ABI SOLiD、Ion Torrent、PacBio等High-throughput的定序结果、去除adaptor序列的分析，并混合不同资料格式的定序结果一同进行数据分析。
2.可进行Reference mapping分析，并支援後續进行SNP、MNP及InDel偵测。
3.提供Coverage analysis及structure variants分析。
4.可进行De Novo assembly分析。
5. 可将De Novo assembly分析所得的contig进一步偵测是否含有可能的single nucleotidepolymorphism、multiple nucleotide polymorphism及InDel。
6.具有RNA-Seq分析功能，计算出基因表现量及提供个体间基因表现量高低的比较，进一步提供Heatmap。
7.可分析Small RNA经次世代测序所获得的原始数据，并比对miRBase数据库而得知具有哪些small RNA。
8.可进行ChIP-seq分析，提供peak finding及邻近基因的注解功能，并可使用实验组與对照组资料进行比对分析。
9.透过與NCBI或其他数据库的聯结，可連结NCBI Blast; MegaBlast; PsiBlast，将序列送至国外比对最新的数据库，且可自动将比对的序列资料直接呈现于软件本身所提供的相对应的工具中。此外，数据库可进行多重序列與包裹式提交至網際網路数据库NCBI进行大规模BLAST比对。
10.支援使用端的个人计算机提交序列至此数据库中进行BLAST比对。
11.可自行建立客制化workflow进行批次自动化的分析。

一、日期：109.09.15
二、时间：14:00–16:00
三、地点：台北医學大學 大安校区B203教室
四、讲师：创源生技 讲师 蔡宜庭
五、议程：
No 课程内容 时间
CLC Genomics Workbench产品于序列分析解决方案之原理及应用介绍 14:00 – 14:40
CLC Genomics Workbench于RNA-Seq分析之应用介绍及实際操作 14:40 – 16:00
主要联絡Mail数据处 张峻毓 / braveheart0347@tmu.edu.tw
参考连结
附件档案