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Seminar Title109/09/15-CLC Genomics Workbench 教育訓練課程
Start Date2020-09-15 14:00:00
End Date2020-09-15 16:00:00
IntroductionCLC Genomics Workbench為一功能強大之次世代序列分析軟體，主要功能如下:rn1.可輸入Sanger、Roche 454、Illumina Solexa、HiSeq system、MiSeq system及ABI SOLiD、Ion Torrent、PacBio等High-throughput的定序結果、去除adaptor序列的分析，並混合不同資料格式的定序結果一同進行數據分析。rn2.可進行Reference mapping分析，並支援後續進行SNP、MNP及InDel偵測。rn3.提供Coverage analysis及structure variants分析。rn4.可進行De Novo assembly分析。rn5. 可將De Novo assembly分析所得的contig進一步偵測是否含有可能的single nucleotidepolymorphism、multiple nucleotide polymorphism及InDel。rn6.具有RNA-Seq分析功能，計算出基因表現量及提供個體間基因表現量高低的比較，進一步提供Heatmap。rn7.可分析Small RNA經次世代測序所獲得的原始數據，並比對miRBase資料庫而得知具有哪些small RNA。rn8.可進行ChIP-seq分析，提供peak finding及鄰近基因的註解功能，並可使用實驗組與對照組資料進行比對分析。rn9.透過與NCBI或其他資料庫的聯結，可連結NCBI Blast; MegaBlast; PsiBlast，將序列送至國外比對最新的資料庫，且可自動將比對的序列資料直接呈現於軟體本身所提供的相對應的工具中。此外，資料庫可進行多重序列與包裹式提交至網際網路資料庫NCBI進行大規模BLAST比對。rn10.支援使用端的個人電腦提交序列至此資料庫中進行BLAST比對。rn11.可自行建立客製化workflow進行批次自動化的分析。rnrn一、日期：109.09.15rn二、時間：14:00–16:00rn三、地點：臺北醫學大學 大安校區B203教室rn四、講師：創源生技 講師 蔡宜庭rn五、議程：rnNo 課程內容 時間rnCLC Genomics Workbench產品於序列分析解決方案之原理及應用介紹 14:00 – 14:40rnCLC Genomics Workbench於RNA-Seq分析之應用介紹及實際操作 14:40 – 16:00
Contact Email數據處 張峻毓 / braveheart0347@tmu.edu.tw
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